Auf dem Gebiet von der Meeresküste bis zu den höchsten Velebit-Gipfel leben ungefähr 800 Pflanzenarten. Davon ca. 40 endemisch, Pflanzen mit seltenem Vorkommen, meistens begrenzt auf die Gebiete von Velebit oder Dinaride. In den Canons von Velika und mala Paklenica ist das Vorkommen einer Pflanze - Bockshornklee (Trigonella foenum graecum) festgestellt worden, die es sonst nirgends auf der Welt gibt.
Die berühmteste endemische Pflanze in den Schluchten von Velika und Mala Paklenica ist die „Fensterglocke“. Im Nationalpark leben mehrere Arten der Glockenblume. So zum Beispiel „Pyramidal- Glöckchen“ und Waldsteinglöckchen.
Eine der ersten Frühlingsblumen, die ihren betäubenden Duft entfaltet ist das Veilchen. Das Waldphänomen hat den entscheidenden Einfluss darauf gehabt, dass das Gebiet vom Süd- Velebit zum Nationalpark erklärt wurde. Die steilen Felswände im Inneren des Parks sind mit dichtem Pinienwald bewachsen, der aufgrund des spezifischen Klimas und des felsigen Untergrundes einen zwerghaften Baumwuchs aufweist. Die Bäume nehmen dadurch sehr interessante und ungewöhnliche Formen an.
Der Färbebaum verfärbt im Frühling durch seine herrlichen Blüten und im Herbst durch seine Blätter, die ganze Landschaft ins Rot. Der Wacholderstrauß bildet in einzelnen Parkteilen, reine Oase.
