Ulazni, kanjonski dijelovi Male i Velike Paklenice, jedan su od temeljnih fenomena zbog svojih geoloških, hidroloških, krških, florističkih i faunističkih osobitosti.
Potoci Velika i Mala Paklenica daju veliku vrijednost čitavom području, te ga značajnije obogaćuju, a u proljeće i jesen svojom bujičnom snagom i otapanjem vapnenca produbljuju kanjon. Oba kanjona, Velika s 14 i Mala Paklenica s 12 km, duboko su urezani u masiv južnog Velebita.
Geološke osobitosti Nacionalnog parka vidljive su po ljutom kršu u području Bojinca, Vidakovog kuka i na platou između oba kanjona. Ovdje je obilje mnogobrojnih oblika krškog reljefa, kao što su škrape, žlibe, kamenice, rupe, pukotine i špilje koje nastaju intenzivnim djelovanjem vode, ali i velikim temperaturnim razlikama tijekom pojedinih godišnjih doba.
Kamenice sa škrapama i žlibama osobito lijepo su razvijene u području Bojinca, gdje su krški oblici nastali utjecajem glacijacije, što je vidljivo u obliku mnogobrojnih morenskih nanosa.
Na području parka zabilježeno je 70-ak špiljskih objekata, među kojima su najljepše špilja Manita peć i jama Vodarica. Za turistički posjet otvorena je samo špilja Manita peć.
